依托办学实体，实现高层次国际合作办学是深圳大学城坚持教育创新的重要内容。清华大学深圳研究生坚持国际化办学的理念，选择若干学科领域开展高水平的国际教育合作。目前已与新加坡国立大学合作培训物流专业方向的硕士研究生，与香港中文大学合作培养供应链管理方向的研究生，即将启动与美国加州大学伯克利分校等世界名校在研究生培养和培训方面的合作。
北大深圳研究生院正在与哈佛大学城市管理学院协商合办“环境保护”、“房地产”管理硕士（MPA），正与香港大学法学院合作开展法律硕士研究生（LLM）等特色专业的联合办学。与香港科技大学联合培养IC设计专业的硕士研究生，与香港理工大学联合培养环境化学方向的研究生。正在与世界银行协商，成立“城市与区域规划人才培养基地”；与林肯基金会协商建立“土地规划与管理能力建设”培训项目；美国Bowlling Green University建立学生电话学术研讨会，每年举行一次。
哈工大深圳研究生院加强同国外知名大学间的教育与科研合作，优先落实好新兴学科合作办学项目，重点保证实质性合作项目，目前实施的项目有：（1）创业家专业：同日本高知工科大学、Queen Mary、Surrey等大学合作，创办创业家专业。依托管理科学与工程等重点学科。（2）环境工程学院：同美国国家水研究院（National Water Research Institute）及美国著名大学合作，创建国际化的环境工程学院。依托市政工程、环境工程等重点学科。（3）现代制造系统及信息化学院：同英国Warwick大学合作，创建国际化现代制造系统及信息化学院。依托机械制造及自动化、机械电子工程等重点学科。（4）同英国Queen Mary,Manchester, Birmingham 等大学合作，开展联合培养研究生项目。（5）加快了同香港高校之间的合作。与香港大学在通讯专业，与香港科技大学在控制与制造专业，与香港城市大学在工程管理、会计学专业联合培养硕士研究生；与香港理工大学在先进制造技术、生物信息工程等专业方向联合开展研究，目前正在筹备与香港中文大学在控制与计算机工程方面的合作项目。
南开大学与加州伯克利分校哈斯商学院及加拿大多伦多大学在深圳合作培养金融工程研究生达成协议。与多伦多大学的合作项目已经开始实行，与伯克利的合作项目已于今年秋季正式启动。
