1957年6月9日，致公党在龙岗建立惠阳县委员会龙岗支部，这是致公党在深圳最早的组织。当时有杨成芳、孙毛利、肖俊青、王秉荣、钟金、余定祥等六位同志。由于历史的原因，龙岗支部有一段时期暂停了活动。1979年，在致公党广东省委会和惠州市委会的关怀指导下，龙岗支部开始恢复活动。1984年后，龙岗支部归属省委会直接领导。1984年3月，致公党广东省委会在深圳成立致公党深圳小组。同年7月25日，成立致公党广东省委直属深圳支部。1987年10月，成立致公党深圳市委员会筹备组，由李世雄任组长、钟士谦任副组长、孙毛利任组员。致公党深圳市委员会筹备组下设上步支部、罗湖南支部、罗湖北支部、下步庙支部、南头支部。
1989年1月21日，中国致公党深圳市委员会在深圳市图书馆召开第一次党员大会，大会选举产生了中国致公党深圳市第一届委员会。李世雄任主任委员、钟士谦任副主任委员，翁长延、薛德炎、黎顺兰、张石勇为委员。1991年6月，增补王及强为市委会委员，同年底任市委会秘书长。1993年9月，增补陈国权、邱锡浓为市委会委员。1994年7月，增补王及强为市委会副主任委员(兼秘书长)。委员会下设支部5个，党员人数77人。这届市委会的任务是：坚定不移地同中国共产党站在一起，发挥在中国共产党领导下的多党合作制度的作用，进一步团结广大归侨、侨眷和海外友好人士，为把深圳建设成为现代化的经济特区而奋斗。
1994年11月30日，致公党深圳市委召开第二次代表大会，选举产生第二届委员会。李世雄任主任委员，王及强、陈国权任副主任委员，张曙光任秘书长，张曙光、庄嘉辉、刘玉钏、吴经护、巫开腾、张石勇、黎顺兰、魏培孙、邱锡浓任委员。1996年9月增补刘须恕为市委会委员。 1997年3月，李世雄主委退休，选举陈国权同志任主任委员。委员会下设支部11 个，党员人数21 5人。1998年12月增补麦庆泉、古华新、卢素心、孙溺为市委会委员。本届市委会的主要奋斗目标和任务是：加强组织建设，认真做好机关工作，积极参政议政，配合执政党搞好国家经济建设。
1999年11月18日，致公党深圳市委召开第三次代表大会，选举产生第三届委员会。陈国权任主任委员，王及强、麦庆泉、卢素心任副主任委员，张曙光 任秘书长，张曙光、王大平、孙溺、古华新、罗忱红、王祚邦、韦朴、徐建华、李大强任委员。2004年1月，增补高青、谢频为市委会委员。委员会下设支部21个，党员人数317人。第三届市委会的任务：坚持中国共产党领导的多党合作和政治协商制度；坚持学习邓小平理论；高举爱国主义和社会主义旗帜，坚定不移地走建设有中国特色社会主义道路；服从和服务于全国工作大局，为维护安定团结的政治局面贡献力量；抓好自身建设。
2004年9月22日，致公党深圳市委召开第四次代表大会，选举产生第四届委员会。闫小培任主任委员， 王大平任副主任委员，张曙光任秘书长，张曙光、韦朴、王祚邦、刘冲、李大强、翁子羽、骆子义、孙 涝、高青、徐建华、罗忱红、谢频任委员。2006年3 ，增补张曙光、韦朴为市委会副主任委员，增补黄文巧为委员。委员会下设支部26个，党员人数410人。 第四届委员会的任务是：高举邓小平理论和三个代表”重要思想伟大旗帜，致力为公，开拓进取，与时俱进，努力把致公党深圳市委会建设成为适应新世纪发展要求的参政党地方组织，为深圳特区的快速发展，为祖国统一大业和中华民族的伟大复兴，做出新的更大的贡献。
致公党深圳市委会下设一个专职工作机构----办公室，工作人员5人，专职干部均为大学本科学历。市委会下设有参政议政工作委员会、宣传工作委员会、海外联谊工作委员会、妇女工作委员会、老党员联谊会等专门委员会。
目前，在深圳市福田区、罗湖区、南山区、宝安区和龙岗区建立了总支委员会，全市支部数现为36 个。到2006年底，全市致公党人数为466人。政治安排方面，现任市政协委员有13人，其中2人为常委，任市人大代表4人，其中1人为常委。各区政协委员30人，其中副主席1人，常委5人，各区人大代表9人，其中副主任 1人，常委3人。实职安排方面：副市长1人，市政协 副秘书长1人，各部门处级领导6人。
